Orthobunyavirus de la RCA : Caractérisation moléculaire

La famille des Bunyaviridae regroupe plus de 350 virus transmis par des arthropodes, classés en cinq genres. La prévalence de ces virus en RCA est mal connue, il est nécessaire d’avoir des diagnostics moléculaires fiables permettant de mieux caractériser les vecteurs et d’identifier les réservoirs qui sont le plus souvent inconnus. Etant donnée la diversité de ces virus, des amorces consensus pour un diagnostic d’espèce ont été définies au laboratoire pour séquencer des segments encadrés des virus du genre Orthobunyavirus. Les séquences complètes du segment S et partielles de la glycoprotéine G2 (segment M) de dix souches virales ont été obtenues. La comparaison des séquences nucléiques du segment S et de la protéine G2 obtenues à celle de la souche de référence Bunyamwera NC_001927 montre une différence de 5 % à 15 % et 3,3 % à 42,2 % respectivement. Les séquences des protéines N et G2 de la souche M’Poko ArB365 ont été les plus divergentes (15 % et 42,2 % de différence respectivement). L’arbre phylogénétique construit avec les séquences de la protéine N est monophylétique contrairement à celui obtenu avec les séquences de la protéine G2.